Из-за недисциплинированности складских работников или технологических ошибок возможно появление временных расхождений в остатках товаров в КИС и складской программе. Обычно данная проблема решается введением в системы автоматизации складского учета специальных виртуальных адресов - «Ячейка расхождений».
В системе управления складом Penta WMS используется более удобное решение — двухконтурность учета остатков:
- адресный контур, в котором остатки товаров учитываются по адресам
- учетный контур, в котором остатки учитываются по складу в целом.
Инвентаризация является основной сервисной операцией и предназначена для обеспечения синхронизации остатков в адресном и учетном контурах системы управления складом Penta WMS.
В WMS системе реализованы следующие виды инвентаризаций:
- полная инвентаризация склада. Проводится с остановкой работы склада на прием и отгрузку товара.
- выборочная инвентаризация по проблемным адресам или товарам. Проводится при выявлении излишков или недостач в местах хранения товара, а также при поступлении претензий от заказчиков по недоотгрузке товаров по заказам.
- текущая инвентаризация. Проводится в профилактических целях в регулярном режиме.

При использовании в работе склада бумажных заданий обязательным условием проведения инвентаризации является блокирование товародвижения по соответствующим адресам или товарам. При использовании ТСД блокирование не производится.
Формирование заданий на инвентаризацию производится:
- автоматически, для режима «текущая инвентаризация»;
- автоматически, при фиксации отборщиком отсутствия товара в назначенной ячейке отбора;
- автоматически, при фиксации упаковщиком (контролером) недостачи товара по заказу;
- автоматически, при выявлении на складе излишка товаров;
- оператором, при поступлении претензии от заказчика.
Распределение заданий между исполнителями выполняет система управления складом исходя из приоритетности заданий, функциональных возможностей исполнителей и закрепления их за определенными товарными группами или участками склада.